Sebelum tewas, Johannes diketahui pernah menyampaikan kekhawatiran mendapat ancaman ke media dan Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban (LPSK), apalagi Johannes juga pernah berbicara di salah satu media massa bahwa ia memiliki bukti rekaman percakapan yang diduga melibatkan pihak-pihak lainnya dalam kasus korupsi KTP-el.

“Tentunya saya tidak bisa berspekulasi apakah kematian Johannes terkait kasus KTP-el atau tidak, tapi saya kaget di beberapa media saya baca ada beberapa yang senang dan kemudian meminta agar dengan meninggalnya saksi tersebut agar ditutup perkara KTP-el, ini lucu, kenapa? Karena KTP-el ini faktanya banyak sekali,” ungkap Novel yang juga menjadi penyidik dalam kasus KTP-el tersebut.

Meski Johannes yang terlibat banyak dalam pengadaan KTP-el itu sudah meninggal dan bahkan tidak semua pertimbangan hukum KPK disetujui hakim dalam putusan pengadilan tingkat pertama untuk terdakwa mantan Dirjen Kependudukan dan Catatan Sipil (Dukcapil) Kemendagri Irman dan Sugiharto dan sejumlah hambatan lain, Novel masih optimistis KPK dapat mengungkapkan kasus tersebut.

Perusahaan Johannes Marliem dalam dakwaan kasus korupsi KTP-el adalah PT Biomorf Lone LLC selaku penyedia produk automated finger print identification system (AFIS) merk L-1 yang digunakan dalam KTP-el. Johannes juga disebut ikut memberikan 200 ribu dolar AS ada Oktober 2012 kepada mantan Direktur Pengelolaan Informasi Administrasi Kependudukan (PIAK) Sugiharto sebagai “fee” karena konsorsium PNRI dinyatakan lulus evaluasi.