Pasangan Soekarwo-Saifullah pun dilantik pada 12 Februari 2009 sebagai Gubernur dan Wakil Gubernur Jawa Timur periode 2008 hingga 2013.
Pemilihan Gubernur Jawa Timur tahun 2013 kembali berlangsung secara dramatis. Khofifah nyaris gagal menjadi peserta lantaran KPU Jawa Timur menilai pencalonannya kurang mendapat dukungan minimal partai, menyusul dua partai yang memberikan dukungan kembar pada pasangan Soekarwo-Saifullah dan pasangan Khofifah-Herman Surjadi Sumawiredja (Kapolda Jatim 2005-2009 yang turut menangani kecurangan Pilkada Jatim 2008).
Khofifah pun menggugat ke Dewan Kehormatan Penyelenggara Pemilu (DKPP). DKPP memutuskan bahwa Khofifah bisa menjadi peserta pilkada.
Pasangan petahana mendapat dukungan dari mayoritas partai, seperti Partai Demokrat (apalagi pasangan petahana itu menjadi kader Partai Demokrat), Golkar, PAN, PKS, PPP, Gerindra, dan Hanura. Pasangan Khofifah-Herman masih mendapat dukungan penuh dari PKB dan lima partai nonparlemen (tidak memiliki kursi di DPRD Jatim).
Sementara dua pasangan lain yang juga turut bersaing adalah pasangan politikus PDI Perjuangan, yakni Bambang Dwi Hartono-Said Abdullah dan pasangan Eggi Sudjana-Muhammad Sihat dari jalur perseorangan.
Setelah pemungutan suara berlangsung pada 29 Agustus 2013, KPU Jawa Timur pada 7 September 2013 menetapkan hasil perolehan suara. Pasangan Soekarwo-Saifullah memenangi pilkada dengan mengantongi 8.195.816 suara (47,25 persen), Khofifah-Herman meraih 6.525.015 suara (37,62 persen), Bambang-Said memperoleh 2.200.069 suara (12,69 persen), dan pasangan Eggi-Sihat hanya mendapat 422.932 suara (2,44 persen).
Pasangan Soekarwo-Saifullah kembali dilantik menjadi Gubernur dan Wakil Gubernur untuk periode kedua yakni 2013 hingga 2018 pada 12 Februari 2014.
Bukan alasan Dua kali gagal dalam pilkada bukan alasan untuk menyerah bagi Khofifah, politikus senior yang pernah menjadi anggota DPR RI dari PPP dan PKB ini dan pernah menjabat Wakil Ketua DPR RI pada 1999.
Untuk pilkada tahun ini, Khofifah optimistis mampu meraih mayoritas suara perempuan.
